МУИС 2017-2018 оны хичээлийн жилийн төлбөрөө нэмжээ. Сургуулийн Удирдах зөвлөлийн 2017 оны гуравдугаар сарын 31-ний 06 тоот тогтоолоор бакалаврын түвшний сургалтын төлбөрийн хэмжээг тогтоожээ. БСШУС-ын сайд төрийн өмчит бүх их, дээд сургуулийн сургалтын төлбөрийг нэмэхгүй байх үүрэг, чиглэлийг удирдлагуудад нь өгсөн ч тус сургуулийн нэг багц цагийн төлбөр өмнөх жилийнхээс нэмэгдсэн байна.
Тухайлбал, Бизнесийн салбар сургууль 96.600-гаас 103.100, Шинжлэх ухааны сургууль 74.600-гаас 86.700 төгрөгөөр нэмжээ. Харин 2012-2013 оны хичээлийн жилээс эхлэн оюутнуудаас сургалтын төлбөрөөс гадна авч байсан суурь хураамжийн төлбөр 224.000 төгрөгийг энэ жилээс авахгүй болж байгаа юм гэнэ.