Монгол Улсын Их Сургууль (МУИС)-ийн нэрийг бусдад андуурагдах байдлаар авч хэрэглэж байгаа Монголын үндэсний их сургууль (МҮИС) хэмээсэн хувийн сургуулийг тойрсон асуудал сүүлийн 10-аад жил үргэлжилж байгаа. Гэвч Монгол Улсын нүүр царай болсон их сургуулийн гомдлыг барагдуулж, нэр төрийг нь аврах зүрх, зоригтой сайд таарч байгаагүй юм.
Өнөөдөр БШУ-ын сайд Л.Энх-Амгалан Монголын үндэсний их сургууль гэдэг нэрээ буцааж авна.
- Монголын үндэсний их сургууль гэх нэр нь Mongolian National university гэж орчуулагдан гадаадад гарахад Монголын их, дээд сургуулиудын эрэмбийг хамгийн их хойш нь татаж байгаа.
- Хөдөө, орон нутгаас ирж байгаа хүүхэд аль сургуульд орж байна вэ гэдэг төөрөгдөл гардаг. Тиймээс энэ их сургуулиас Монголын үндэсний их сургууль гэх нэрээ буцааж авна. Энэ бол Монгол төрийн өмч. Мөн УИХ-д өргөн барьсан Дээд боловсролын тухай хуульд Монголын, Үндэсний нэр авахыг хориглож байгаа хэмээн мэдэгдэж, маргаанд цэг тавьж магадгүй найдварыг төрүүллээ.
Монгол Улсын Их Сургууль нь 1940 оны 12 дугаар сарын 06-ны өдрийн тогтоолын дагуу байгуулагдсан бөгөөд үндэсний сургууль болох хууль ёсны статусаа цаг тухай бүрт баталгаажуулж ирсэн байна. Үүнд 1992 оны 05 дугаар сарын 06-ны өдрийн Монгол Улсын Засгийн газрын 72 дугаар тогтоол зэрэг Монгол улсын зохих хууль тогтоомж зэргийг дурдаж болох юм.
Гэвч МҮИС нэртэй сургууль нь МУИС-ийн нэртэй ижил нэр оноож, дотоодод болон гадаадад андуурагдах байдал үүсгэн, Монгол Улс болоод МУИС оюутан залуучуудыг хохироож байгааг МУИС олон жилийн турш эсэргүүцэж ирсэн юм.