Шинэ коронавирус (2019-nCoV)

ШИНЭ КОРОНАВИРУС (2019-NCOV)

Шинэ коронавирус 2019 буюу 2019-nCoV (мөн Ухань коронавирус гэж нэрлэгдэж байгаа) нь вирусээр үүсгэгддэг халдвар. Хүний өвчлөлийн хамгийн анхны тохиолдол албан ёсоор 2019 оны 12 дугаар сарын 31-нд ДЭМБ-д мэдээлэгдсэн боловч хүний өвчлөл 12 сарын эхний 7 хоногт гарч эхэлсэн байна. Өвчтөнөөс авсан дээжинд хийсэн геномын секвенсийн үр дүнд дан утаслаг бүхий РНХ-ээс тогтсон коронавирусээр үүсгэгдэж байгаа болохыг тогтоосон байна.

ТАРХВАР ЗҮЙ

Коронавирусийн халдварын анхны тохиолдол 2019 оны 12 сарын сүүлээр БНХАУ-ын Ухань хотод бүртгэгдсэн бөгөөд одоогийн байдлаар БНХАУ, Япон, Тайланд, Өмнөд Солонгос, Тайланд, Австрали, Франц, АНУ, Сингапур, Непал, Канад зэрэг 18 оронд бүртгэгдээд байна (2020.01.28).

Энэхүү халдвар нь анх амьтнаас хүнд халдварласан бөгөөд хүнээс хүнд халдварладаг эсэх нь тодорхойгүй байсан ч 2020 оны 01 дүгээр сарын 20-ны өдөр БНХАУ–ын Гуандон мужид хүнээс хүнд халдварладаг болох нь батлагдсан. 2020 оны 01 дүгээр сарын 28-ны өдрийн байдлаар нийт 4,474 хүний өвчлөл бүртгэгдэж, үүнээс 106 нь нас барж, 63 өвчтөн бүрэн эдгэрсэн байна.

Зураг 1. Коронавирусийн хүний өвчлөлийн мэдээлэл (сүүлийн 8 хоногийн байдлаар)

ЭМНЭЛ ЗҮЙН ШИНЖ ТЭМДЭГ

Халуурах, ядрах, хуурай ханиалгах, амьсгал давчдах, амьсгалын хүндрэл зэрэг шинж тэмдгүүдээр илэрч байгаа бөгөөд уушигны үрэвсэл, бөөрний дутагдал, хүнд халдварын үед нас барах тохиолдол байна. Мөн эмнэлэгт хэвтсэн хүмүүст цусны цагаан эс /лейкоцит/ болон лимпоцит эсийн тоо багасал зэрэг чухал шинж тэмдэг илэрсэн.

ДЭМБ-ын Ерөнхий захирал Тедрос Адханом Гебрейюсес 2020 оны 1-р сарын 23-ны өдөр гаргасан мэдэгдэлдээ халдвар авсан хүмүүсийн дөрөвний нэг нь хүнд хэлбэрээр өвчилсөн бөгөөд нас барсан хүмүүсийн ихэнх нь дархлаа суларсан, даралт ихсэх, чихрийн шижин, зүрх судасны өвчин гэх мэт бусад өвчнүүдтэй байсан гэжээ.

ХАЛДВАРЫН ЭХ ҮҮСВЭР

Халдварын эх үүсвэр болон дамжуулагчийг Ухань хотын далайн гаралтай бүтээгдэхүүний захаас хүнсний зориулалтаар зарагдсан амьтдыг гэж сэжиглэж байгаа бөгөөд анх халдвар авсан хүмүүсийн дийлэнх нь Ухань хотод байрлах Хуананы далайн захын ажилчид байсан юм.

2003 онд дэгдсэн SARS-ийн халдварын эх үүсвэрийг 17 жилийн турш судалсаны үр дүнд сарьсан багваахайн SARS-төст олон коронавирусийг илрүүлж, геномын дарааллыг тогтоосон бөгөөд ихэнх нь Rhinolophus төрлийн вирус байв. Эдгээр геномын дарааллыг ашиглан вирусийн бүлгийн мутацийн түүхэн филогенетик модыг сэргээн байгуулах бүрэн боломжтой. Харьцуулбал мутацийн энэхүү хэмжээ H3N2 хүний ханиадны 10 жилийн хугацаанд ажиглагдсан мутацитай төстэй.

Шинээр бүртгэгдсэн 2019 N-Coronavirus нь SARS холбоот коронавирусийн бүлэгт хамаарагдаж байна. Rhinolophus sinicus-ийн геномтой 80% -ийн төстэй хоёр дарааллыг тогтоосон тухай судалгааны ажил 2015, 2017 онд нийтлэгдсэн байдаг. Гуравдахь геномын дараалал нь нийтлэгдээгүй бөгөөд энэ нь 2019 N-Coronavirus –тай 96% төстэй Rhinolophus affinis-ийн дараалал юм.

Зураг 2. 2019-nCoV-ийн хоёр вирионыг элекрон микроскопоор харсан байдаг.

ФИЛОГЕНЕТИК БОЛОН АНГИЛАЛ ЗҮЙ

Шинээр тархсан вирус нь коронавирусын овогт харьяалагдана. Коронавирус нь вирусын томоохон овог бөгөөд ердийн ханиад болон хүнд хэлбэрийн MERS болон SARS зэрэг өвчин үүсгэнэ. Коронавирус өргөн хүрээний вирусийн бүлэг боловч өмнө нь зөвхөн зургаан (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, SARS-CoV) хэв шинж нь хүн, амьтанд халдварладаг байсан бөгөөд шинээр 2019-nCoV бүртгэгдсэнээр энэхүү жагсаалт долоо болж байна.

Уханий бетакоронавирусын геномын дараалал нь сарьсан багваахайнаас олдсон бетакоронавирусын дараалалтай ижил төстэй байна. Гэсэн хэдий ч энэ вирус нь бусад коронавирусуудаас /MERS-CoV болон SARS-CoV/ генетикийн хувьд тодорхой хэмжээгээр ялгаатай байна. Энэ нь SARS-CoV-ийн нэгэн адил Beta-CoV язгуурын В вирус юм. Шинээр бүртгэгдсэн 2019-nCoV РНХ-ийн дараалал нь ойролцоогоор 30 кб урттай болохыг судлаачид тогтоогоод байна.

БНХАУ-ын CDC бусад судалгааны хүрээлэнтэй 01 сарын 12-ны өдөр хамтран гаргасан мэдэгдэлдээ Ухань хотод бүртгэгдсэн шинэ коронавирусын 5н геномыг ялгаж тодорхойлсон тухай дурдсан бөгөөд 01-р сарын 26-ны байдлаар 28 болж геномын тоо нэмэгдсэн байна. GISAID-аас эхэн үеийн Ген банкны геномоос бусад геномын дарааллыг гаргахыг хориглоод байна. Өвчтөнөөс ялган авсан сорьцуудад филогенетик шинжилгээг Nextstrain төслөөр хийх боломжтой.

Зураг 3. Геном нь 30,473 сууриас тогтсон.

БИОЛОГИ

Геномын талаар хэвлэгдсэн нийтлэлүүд nCoV spike (S) уургийн рецептор холбогдох хэсэг дээр хэд хэдэн уургийн загварчлалын туршилт хийхэд чиглэгдсэн байсан. Загварчилсан S уураг нь SARS рецепторыг эсэд нэвтрэх механизм болгон ашиглахад хангалттай ойрхон байдгийг 01-р сарын 16-ны өдөр  Хятадын судалгааны баг тэмдэглэсэн байна.

Мөн 01 дүгээр сарын 22-ны өдөр Хятад улсад ажиллаж буй судалгааны нэг баг вирусийн цэвэр омогтой ажиллаж, нөгөө баг америкт урвуу генетикийн чиглэлээр ажилласан бөгөөд бие биенээсээ харилцан хамааралгүйгээр хийгдсэн туршилтын үндсэн дээр 2019-nCoV-ны рецептор ACE2 болохыг нотолсон. Халдварын эсрэг боломжит эмийг хайж олохын тулд вирусийн протеаза M (про) –ийг эм /мансууруулах бодис/-д туршилтын зориулалтаар загварчилан үзсэн болно.

Шинэ эм, фермент үйлдвэрлэлийн Иннофор компани SARS протеазад суурилсан хоёр тооцоллын загвар бүтээгээд байгаа бөгөөд Хятадын шинжлэх ухааны академи мөн рекомбинат 2019 nCoV-ын протеазын туршилтын хувилбарыг гаргасан байна.

Зураг 4. Вирусын эм бүтээхэд ашиглах 2019-nCoV протеазын Phyre2 туузан диаграмм.

ВАКЦИНЫ СУДАЛГАА

Хэд хэдэн судалгааны хүрээлэн, байгууллагууд 2019-nCoV –ийн нийтлэгдсэн геном дээр суурилан /гурав нь Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (CEPI)-аар дэмжигдсэн/ шинэ коронавирусын эсрэг вакциныг бүтээх ажлыг эхлүүлээд байна.

АНУ-ын Эрүүл мэндийн үндэсний хүрээлэн /NIH/, Биотехнологийн Модерна компанитай вакцин бүтээхээр хамтран ажиллаж 2020 оны 05 дугаар сар гэхэд үйлдвэрлэлээ эхлүүлэхээр төлөвлөсөн. Тэдний гол зорилго нь РНХ вакциныг коронавирусын гадаргуугийн S /spike/-д тааруулах явдал юм. Квинсландын Их Сургууль (UQ; Австрали) нь генетикийн хувьд өөрчлөгдсөн вирусийн уураг дархлааны урвалыг коронавирус шиг өдөөх чадвартай  Молекулын кламп (molecular clamp) вакцин бүтээх юм.

Дээрх төслүүдийг CEPI санхүүжүүлж байгаа юм. Канадын Нийгмийн Эрүүл Мэндийн Агентлаг нь Саскачеваны их сургуулийн  Вакцин ба халдварт өвчин судлалын байгууллага – Олон улсын вакцины төв (VIDO-InterVac) -д вакцин хийх ажлыг эхлүүлэх бие даасан төслийг санхүүжүүлэхээр зөвшөөрсөн. VIDO-InterVac нь 2020 оны 3 дугаар сард амьтдын туршилтыг, 2021 онд хүнд туршиж эхлэхийг зорьж байна.

Эх сурвалж: Novel coronavirus (2019-nCoV) www.wikipedia.org/wiki/Novel_coronavirus_(2019-nCoV)

ИШ ТАТСАН БҮТЭЭЛИЙН ЖАГСААЛТ :

1. Fox, Dan (2020). ‘What you need to know about the Wuhan coronavirus’. Nature. doi:10.1038/d41586-020-00209-y. ISSN 0028-0836.
2. Zhang, Y.-Z.; et al. (12 January 2020). ‘Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome’. GenBank. Bethesda, Maryland, United States: National Institutes of Health. Retrieved 13 January 2020.
3. ‘Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV)’. World Health Organization. Retrieved 21 January 2020.
4. ‘Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China’. United States: Centers for Disease Control and Prevention. 10 January 2020. Retrieved 16 January 2020.
5. ‘Pneumonia of unknown cause – China. Disease outbreak news’. World Health Organization. 5 January 2020. Archived from the original on 7 January 2020. Retrieved 6 January 2020.
6. Schnirring, Lisa (14 January 2020). ‘Report: Thailand’s coronavirus patient didn’t visit outbreak market’. CIDRAP. Archived from the original on 14 January 2020. Retrieved 15 January 2020.
7. ‘中国疾病预防控制中心’ (in Chinese). People’s Republic of China: Chinese Center for Disease Control and Prevention. Retrieved 9 January 2020.
8. ‘New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert’. People’s Republic of China. Xinhua. Retrieved 9 January 2020.
9. ‘CoV2020’. platform.gisaid.org. Retrieved 12 January 2020.
10. ‘China coronavirus: Hong Kong widens criteria for suspected cases after second patient confirmed, as MTR cancels Wuhan train ticket sales’. Hong Kong: South China Morning Post. 23 January 2020. Retrieved 23 January 2020.
11. ‘Novel coronavirus: three cases reported in France’. European Centre for Disease Prevention and Control. 25 January 2020.
12. Doherty, Ben (25 January 2020). ‘Coronavirus: three cases in NSW and one in Victoria as infection reaches Australia’. The Guardian. ISSN 0261-3077. Retrieved 26 January 2020.
13. ‘Operations Dashboard for ArcGIS’. gisanddata.maps.arcgis.com. Retrieved 26 January 2020.
14. ‘Novel Coronavirus (2019-nCoV) SITUATION REPORT – 5 25 JANUARY 2020’ (PDF). Retrieved 27 January 2020.
15. ‘China confirms human-to-human transmission of new coronavirus’. Canadian Broadcasting Corporation. 20 January 2020. Retrieved 21 January 2020.
16. ‘Experts explain the latest bulletin of unknown cause of viral pneumonia’. Wuhan Municipal Health Commission. 11 January 2020. Archived from the original on 11 January 2020. Retrieved 11 January 2020.
17. Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. doi:10.1016/j.ijid.2020.01.009. PMID 31953166
18. ‘Q&A on coronaviruses’. www.who.int. Retrieved 27 January 2020.
19. ‘WHO Director-General’s statement on the advice of the IHR Emergency Committee on Novel Coronavirus’. who.int.
20. Joseph, Andrew (24 January 2020). ‘New coronavirus can cause infections with no symptoms and sicken otherwise healthy people, studies show’. STAT. Retrieved 27 January 2020.
21. Huang, Chaolin; Wang, Yeming; Li, Xingwang; Ren, Lili; Zhao, Jianping; Hu, Yi; Zhang, Li; Fan, Guohui; Xu, Jiuyang; Gu, Xiaoying; Cheng, Zhenshun (24 January 2020). “Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China”. The Lancet: S0140673620301835. doi:10.1016/S0140-6736(20)30183-5
22. ‘WHO says new China coronavirus could spread, warns hospitals worldwide’. Reuters. 14 January 2020. Retrieved 21 January 2020.
23. Paules, Catharine I.; Marston, Hilary D.; Fauci, Anthony S. (23 January 2020). ‘Coronavirus Infections—More Than Just the Common Cold’. JAMA. doi:10.1001/jama.2020.0757. PMID 31971553
24. 【武漢肺炎】衛健委︰新型冠狀病毒傳播力增強　潛伏期最短僅1天”. 明報新聞網
25. 专家：病毒潜伏期有传染性 有人传染同事后才发病
26. Zhao, Shi; Ran, Jinjun; Musa, Salihu Sabiu; Yang, Guangpu; Lou, Yijun; Gao, Daozhou; Yang, Lin; He, Daihai (24 January 2020). ‘Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China, from 2019 to 2020: A data-driven analysis in the early phase of the outbreak’. bioRxiv: 2020.01.23.916395. doi:10.1101/2020.01.23.916395
27. Saey, Tina Hesman (24 January 2020). ‘How the new coronavirus stacks up against SARS and MERS’. Archived from the original on 25 January 2020. Retrieved 25 January 2020.
28. Myers, Steven Lee (25 January 2020). ‘China’s Omnivorous Markets Are in the Eye of a Lethal Outbreak Once Again’. The New York Times.
29. Sample CoVZC45 and CoVZXC21, see there for an interactive visualisation
30. ‘The 2019 new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution’. doi:10.1101/2020.01.24.915157v1 (inactive 25 January 2020).
31. Wuhan Institue of Virology (23 January 2020). ‘Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin’. bioRxiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952v2 (inactive 25 January 2020). Retrieved 24 January 2020.
32. ‘auspice’. nextstrain.org.
33. Zhu, Na; Zhang, Dingyu; Wang, Wenling; Li, Xinwang; Yang, Bo; Song, Jingdong; Zhao, Xiang; Huang, Baoying; Shi, Weifeng; Lu, Roujian; Niu, Peihua; Zhan, Faxian; Ma, Xuejun; Wang, Dayan; Xu, Wenbo; Wu, Guizhen; Gao, George F.; Tan, Wenjie (24 January 2020). “A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019”. New England Journal of Medicine. United States. 0. doi:10.1056/NEJMoa2001017. ISSN 0028-4793
34. ‘Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses’. nextstrain. Retrieved 18 January 2020.
35. Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo. Global Epidemiology of Bat Coronaviruses. Viruses. 2019 Feb;11(2):174. doi:10.3390/v11020174
36. ‘Initial genome release of novel coronavirus’. Virological. 11 January 2020. Retrieved 12 January 2020.
37. ‘Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome’. National Center for Biotechnology Information. United States: National Institutes of Health. 17 January 2020.
38. Bedford, Trevor; Neher, Richard. ‘Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID’. nextstrain.org. Retrieved 26 January 2020.
39. ‘Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission’. SCIENCE CHINA Life Sciences. doi:10.1007/s11427-020-1637-5 (inactive 24 January 2020). Retrieved 23 January 2020.
40. Letko, Michael; Munster, Vincent (22 January 2020). ‘Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV’. BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.915660. Retrieved 24 January 2020.
41. Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li (2020). ‘Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin’. BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952. Retrieved 24 January 2020.
42. Gralinski, Lisa E.; Menachery, Vineet D. (2020). ‘Return of the Coronavirus: 2019-nCoV’. Viruses. 12 (2): 135. doi:10.3390/v12020135.
43. Gruber, Christian; Steinkellner, Georg (23 January 2020). ‘Wuhan coronavirus 2019-nCoV – what we can find out on a structural bioinformatics level’. Innophore Enzyme Discovery. Innophore GmbH.
44. Steenhuysen, Julie; Kelland, Kate (24 January 2020). ‘With Wuhan virus genetic code in hand, scientists begin work on a vaccine’. Thomson Reuters. Archived from the original on 25 January 2020. Retrieved 25 January 2020.
45. ‘Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine’. Canadian Broadcasting Corporation. 24 January 2020. Archived from the original on 25 January 2020. Retrieved 25 January 2020.
46. Devlin, Hannah (24 January 2020). ‘Lessons from Sars outbreak help in race for coronavirus vaccine’. The Guardian. Archived from the original on 25 January 2020. Retrieved 25 January 2020.
47. ‘Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine’. ca.news.yahoo.com.

ЗӨСҮТ